ภาควิชาวิศวกรรมอุตสาหการและภาควิชาวิศวกรรมเคมี เป็นสองภาควิชาเริ่มแรกที่ก่อตั้งพร้อมกับคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา โดยก่อตั้งในปี พ.ศ. 2533 และเริ่มรับนิสิตรุ่นแรกในปี พ.ศ. 2536 สำหรับภาควิชาวิศวกรรมอุตสาหการนั้นมีหัวหน้าภาควิชาเป็นผู้บริหารในระดับภาควิชา ตั้งแต่เริ่มก่อตั้งภาควิชาจนถึงปัจจุบัน ภาควิชาวิศวกรรมอุตสาหการมีหัวหน้าภาควิชาและรักษาการหัวหน้าภาควิชาแล้วทั้งสิ้น 7 ท่าน

กันยายน พ.ศ. 2563 – ปัจจุบัน
ผู้ช่วยศาสตราจารย์ สมเสียง จันทาสี

กันยายน พ.ศ. 2559 – สิงหาคม พ.ศ. 2563
ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร. บรรหาญ ลิลา

กันยายน พ.ศ. 2551 – สิงหาคม พ.ศ. 2559
ดร.​ จักรวาล คุณะดิลก

พฤษภาคม พ.ศ. 2551 – สิงหาคม พ.ศ. 2551
ดร. จักรวาล คุณะดิลก (รักษาการ)

กรกฎาคม พ.ศ. 2549 – กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551
ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร. ฤภูวัลย์ จันทรสา

กันยายน พ.ศ. 2540 – กรกฎาคม พ.ศ. 2551
ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร. ฤภูวัลย์ จันทรสา (รักษาการ)

ก่อนปี 2541
อ. วิศิษฐ์ (รักษาการ)

ก่อนปี 2541
ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ปราณี (รักษาการ)